VCFtools로 VCF v4.3 편집하는 편법

최신 버전(v4.3)의 VCF파일을 VCFtools(https://vcftools.github.io/index.html)을 통해 편집하려고 시도하면 아래와 같은 에러메시지를 만나게 된다.

Error: VCF version must be v4.0, v4.1 or v4.2:
You are using version VCFv4.3

VCFtools는 공식적으로 VCF v.4.2까지만 지원하며 몇년간 업데이트가 없는걸로 보아 앞으로도 지원할 것 같지 않다.

그래서 다들 BCFtools와 같은 툴로 갈아타는 분위기인데, 그냥 익숙한 걸 계속 쓰려는 분께서는 그냥 VCF파일에서 버전명만 아래 명령어로 치환하면 VCFtools를 그대로 활용할 수 있다.

$ sed 's/^##fileformat=VCFv4.3/##fileformat=VCFv4.2/' in.vcf > out.vcf

아직까지 호환성 이슈는 없다.

source : https://www.biostars.org/p/325012/

Question: Is there a way to reformat vcf 4.3 down to 4.2?

 

 

We will find a way. we always have