반응형 ━ 연구정보공유7 연구동향을 파악하는 방법 연구동향을 파악하는 방법에 대해 궁금해하는 질문을 종종 받습니다. 챗GPT에도 물어보았는데 제가 아는 것과는 다른 답을 내주는 것으로 보아 이 방법은 정해진 답이 없는 것 같습니다. 분자생태학 분야 연구자로서 제가 애용하는 몇 가지 방법을 이렇게 소개해봅니다. 1. 트위터(현 X) 활용하기 관심 분야의 연구자들 대부분은 트위터 계정을 운영중일 것 입니다. 이런 분들만을 50 - 200 명 정도 팔로우하는 계정을 만들어두시면, 이들이 출판했거나 이들이 추천하는 최신 논문 소식과 더불어 잡, 포닥 그리고 대학원생 공고를 비롯해 각종 최신 정보들을 업데이트 받을 수 있습니다. 개인적으로는 가장 추천하는 방법입니다. 페이스북은 조금 더 개인 신변잡기 용으로 사용하는 경향이 있는 것 같습니다. 2. 리서치게이트 .. 2023. 9. 18. Forklift 사용시 캐시 점유 문제 서버에서 작업을 하며 파일을 옮기는데 맥에서는 Forklift를 애용하고 있다. 유전체와 같은 대용량 데이터를 읽으면 자동으로 캐쉬에 저장되는데, 이 때문에 하드디스크 용량을 과하게 점유할 수 있다는 사실을 얼마전 발견했다. 맥의 경우 ~/library/cashe/ 의 forklift 캐쉬 디렉토리 용량이 과하게 잡힌 것을 체크하고 과한 용량을 점유하는 데이터를 직접 삭제하여 해결할 수 있었다. 2022. 6. 23. [R] 다양한 종류의 컬러 팔레트가 필요할 때 R로 시각화를 할 때 20가지가 넘는 다양한 종류의 색상을 구분해서 표현해야 할 때가 있다. 내 경우 물고기 집단의 유전적 다양성을 분석하는데 집단의 숫자가 20개가 넘어서 다양한 색상으로 구분해줄 필요가 있었다. 일반적인 컬러 팔레트는 15종류 내외는 구분해주지만, 그 이상은 한계가 있고, 무지개의 그라데이션을 임의로 나누어 20-30종류의 팔레트를 구성하면 색상간 해상력이 떨어져서 분간하기에 힘들 수 있다. 글자로 레이블을 추가해 줄 수 있지만, 그것이 힘들 경우 다음의 패키지가 있어 도움을 줄 수 있다. 아래의 예시를 사용하면 32 종(물론 더 많은 색상도 가능하다)의 해상력이 있는 색상으로 팔레트를 만들수 있다. # install.packages("Polychrome") library(Polych.. 2021. 10. 16. 분자생태학 톺아보기 (an Introduction to Molecular Ecology) 2018년 2월 박사 졸업을 마치고 그해 8월부터 포닥 과정을 시작하며, 많은 변화가 찾아왔다. 그 변화와 더불어 가짜뉴스가 범람하는 시대적 분위기는 나로 하여금 지식의 공유와 확산의 필요성을 자각하게 했다. 그 결과, 생명과학분야의 포털 사이트인 브릭 (BRIC)에 내가 배운 것들을 나누기 위한 연재를 지난 2019년 봄부터 시작하였고, 1년이 넘는 기간동안 8편의 연재를 성공적으로 마치게 되었다. 각 연재들에서는 내가 박사과정동안 공부했던 내용들을 고등학생 이상의 독자들이라면 이해할 수 있도록 풀어내고자 노력했다. 분자생태학의 개론과 분자생태학에 활용되는 분자마커의 의미, 종류, 특성에 대해 설명하고, 그 분자마커들을 응용하는 내용을 나머지 6편에 풀어냈다. 모쪼록 독자 여러분께서 조금이라도 이해가 .. 2020. 7. 24. VCF 핸들링 프로그램 유전체 정보를 다루다보면 필연적으로 마주하는 VCF 파일. 그것을 편집하고 필터링하고 시각화하는데 도움을 주는 프로그램들은 여럿 있는데 저마다 상황과 구미에 맞는 것을 사용하면 되며 만능은 없다. 이 곳에서 간단히 소개해보고자 한다. 시작에 앞서 VCF 파일이 무엇이고 그 구성요소를 어떻게 해석하는지에 대해서는 다음 링크를 참조하길 (링크) VCFtools 가장 친숙한 툴이 아닐까? 기본적인 필터링, 편집기능을 제공하면서 깨알같은 도구들이 제공된다. 그래서 오래되었음에도 여전히 사용하는 사람들이 있다. 물론 4.3 이상의 최신 버전 VCF에서는 호환이 안되어 편법(지난 글 참조)을 써야 한다. 관련링크 https://vcftools.github.io VCFtools Welcome to VCFtools V.. 2020. 3. 5. 2019 맥북프로 16인치 스팟라이트 무한 인덱싱 현상과 그 해결 신형 맥북프로 사용시 스팟라이트 인덱싱 작업으로 메모리 부족 현상이 시시때때로 발생하여 원인을 찾기 위해 여러 실험을 해본 결과 그 원인은 외장 SSD에 있었다. 생물정보 자료들이 외장SSD 1테라에 대부분 보관중이어서 거의 항시 물려서 사용중인데 그로 인해 무한 인덱싱이 일어나고 있었던 것. 아래와 같이 SSD에 대해 인덱싱을 해제하니 문제는 완전히 해결되었다. 음... 좀 더 부담가더라도 CTO로 저장용량을 늘릴걸 그랬나? 2020. 3. 5. VCFtools로 VCF v4.3 편집하는 편법 최신 버전(v4.3)의 VCF파일을 VCFtools(https://vcftools.github.io/index.html)을 통해 편집하려고 시도하면 아래와 같은 에러메시지를 만나게 된다. Error: VCF version must be v4.0, v4.1 or v4.2: You are using version VCFv4.3 VCFtools는 공식적으로 VCF v.4.2까지만 지원하며 몇년간 업데이트가 없는걸로 보아 앞으로도 지원할 것 같지 않다. 그래서 다들 BCFtools와 같은 툴로 갈아타는 분위기인데, 그냥 익숙한 걸 계속 쓰려는 분께서는 그냥 VCF파일에서 버전명만 아래 명령어로 치환하면 VCFtools를 그대로 활용할 수 있다. $ sed 's/^##fileformat=VCFv4.3/##file.. 2020. 2. 27. 이전 1 다음 반응형
