반응형 vcf2 VCF 핸들링 프로그램 유전체 정보를 다루다보면 필연적으로 마주하는 VCF 파일. 그것을 편집하고 필터링하고 시각화하는데 도움을 주는 프로그램들은 여럿 있는데 저마다 상황과 구미에 맞는 것을 사용하면 되며 만능은 없다. 이 곳에서 간단히 소개해보고자 한다. 시작에 앞서 VCF 파일이 무엇이고 그 구성요소를 어떻게 해석하는지에 대해서는 다음 링크를 참조하길 (링크) VCFtools 가장 친숙한 툴이 아닐까? 기본적인 필터링, 편집기능을 제공하면서 깨알같은 도구들이 제공된다. 그래서 오래되었음에도 여전히 사용하는 사람들이 있다. 물론 4.3 이상의 최신 버전 VCF에서는 호환이 안되어 편법(지난 글 참조)을 써야 한다. 관련링크 https://vcftools.github.io VCFtools Welcome to VCFtools V.. 2020. 3. 5. VCFtools로 VCF v4.3 편집하는 편법 최신 버전(v4.3)의 VCF파일을 VCFtools(https://vcftools.github.io/index.html)을 통해 편집하려고 시도하면 아래와 같은 에러메시지를 만나게 된다. Error: VCF version must be v4.0, v4.1 or v4.2: You are using version VCFv4.3 VCFtools는 공식적으로 VCF v.4.2까지만 지원하며 몇년간 업데이트가 없는걸로 보아 앞으로도 지원할 것 같지 않다. 그래서 다들 BCFtools와 같은 툴로 갈아타는 분위기인데, 그냥 익숙한 걸 계속 쓰려는 분께서는 그냥 VCF파일에서 버전명만 아래 명령어로 치환하면 VCFtools를 그대로 활용할 수 있다. $ sed 's/^##fileformat=VCFv4.3/##file.. 2020. 2. 27. 이전 1 다음 반응형